Скачать программы для расчетов математических и экономических показателей. Прикладной, нежели принципиальный характер. Создать книгу · Скачать как PDF · Версия для печати . Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA. М.: МедиаСфера .

Пакеты прикладных программ. Abinit. Abinit - свободно распространяемое программное обеспечение, предназначенное для расчётов полной энергии, электронной плотности и т. Поддерживает распараллеливание с использованием стандарта MPI (для систем с распределенной памятью) и технологии CUDA (для графических процессоров). ABy. SSABy. SS (Assembly By Short Sequences) - сборщик геномных последовательностей (из коротких секвенированных фрагментов генома). В качестве основной структуры данных использует граф де Брюина. Параллельная версия сборщика реализована на основе стандарта MPI.

Ломоносова». Троицкая, Н.Н. Применение пакетов прикладных программ в математике. Учебное пособие. Архангельск.

Описание программ из пакета СПО, которые можно использовать при. Скачать пакет программ AndySoft. Пакет прикладных программ AndySoft для AutoCad . Стоимость данного пакета программ составляет 790 руб. Пакет прикладных программ почтово-кассового терминала (ППП ПКТ) WinPost предназначен для автоматизации целого спектра услуг, .

Auto. Dock Vina. Auto. Dock Vina - популярная многопоточная программа с открытым исходным кодом для молекулярного докинга. Параллельный (MPI) вариант программы - Vina. LC. BEAST & BEAGLEBEAST - кросс- платформенная программа  для байесовского анализа молекулярных последовательностей с использованием марковских цепей Монте Карло (MCMC). Распространяется по лицензии GNU Lesser General Public License. Имеет поддержку графических процессоров (GPU) путем использования CUDA и Open. CL. Распространяется бесплатно по лицензии GNU GPL.

BLASTBLAST (Basic Local Alignment Search Tool) - семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Известны реализации BLAST для различных параллельных архитектур, например, mpi. BLAST и GPU- Blast. Допускает распараллеливание на множество независимых процессов. ESPRes. So. ESPRes. So - универсальный программный пакет молекулярной динамики с открытым исходным кодом для моделирования полимеров, жидких кристаллов, биологических систем (в частности, ДНК и липидных мембран) и других.

Использует стандарт MPI для распараллеливания. Firefly. Firefly (прежнее название - PC- GAMESS) - один из самых популярных и высокопроизводительных пакетов вычислительной химии. Основное направление - расчет больших и сверхбольших молекулярных систем. Включает реализации основных вычислительных квантово- химических алгоритмов для современных процессорных архитектур и параллельных сред. Поддерживает стандарт MPI.

Для работы с пакетом необходимо разрешение автора. GROMACSGROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - пакет молекулярной динамики с открытым исходным кодом для моделирования физико- химических процессов, в том числе динамики крупных молекулярных систем.

GROMACS ориентирован на использование на высокопроизводительных вычислительных кластерах, обладает высоким уровнем масштабируемости. Имеет две параллельные реализации: с использованием MPI и POSIX threads. Из дополнительных возможностей – поддержка выполнения части вычислений на GPU.

HMMERHMMER - свободно- распространяемый программный пакет для поиска последовательностей в базах данных для гомологов белковых последовательностей, а также для их выравнивания. В основе алгоритмов пакета лежит теория скрытых марковских моделей, имитирующих работу процесса, похожего на марковский процесс с неизвестными параметрами, и задачей ставится разгадывание неизвестных параметров на основе наблюдаемых. Пакет имеет параллельную реализацию для кластеров MPI- HMMER и графических процессоров GPU- HMMER.

HOOMD- blue. HOOMD- blue (Highly Optimized Object- oriented Many- particle Dynamics - Blue edition) - пакет программ для моделирования процессов молекулярной динамики с использованием графических процессоров (GPU). LAMMPSLAMMPS (Large- scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - свободно распространяемый программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Может применяться для крупных расчетов (до десятков миллионов атомов). Поддерживает распараллеливание с использованием интерфейса MPI. Для части расчетов позволяет использовать графические процессоры (GPU). MAKER MAKER – переносимый легко- настраиваемый программный конвейер для аннотации геномов. Поддерживает стандарт MPI для запуска на вычислительном кластере.

Допускает бесплатное использование в научно- исследовательских целях. Many. SATMany. SAT - многопоточный SAT- решатель, использующий вариации стандартного алгоритма DPLL (Davis–Putnam–Logemann–Loveland). Mira. XTMira. XT - многопоточный SAT- решатель, предназначенный для использования потенциала многопроцессорных систем с общей памятью путем применения стандарта POSIX threads. Mr. Bayes Mr. Bayes – набор алгоритмов филогенетического анализа и реконструкции предковых последовательностей с помощью байесовского метода. Прошивка Мозгов Чери Тиго Фл. Предназначен для анализа разнородных данных. В анализ могут быть включены качественные и молекулярные (количественные) данные, аминокислотные и нуклеотидные последовательности, митохондриальные и ядерные гены одновременно.

Поиск оптимального решения осуществляется с помощью связанных марковских цепей Монте Карло (MCMC). Поддерживает распараллеливание с использованием интерфейса MPI. Также имеет реализацию для графических процессоров - GPU Mr. Bayes. MUMmer. MUMmer - программная система с открытым исходным кодом для высокоскоростного выравнивания больших геномных последовательностей. Также используется для сборки геномов из фрагментов. Имеет параллельную реализацию для графических процессоров - MUMmer. GPU. NAMDNAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) - бесплатная программа для молекулярной динамики, написанная с использованием модели параллельного программирования Charm++, обладающей высокой эффективностью распараллеливания и часто используемой для симуляции больших систем (миллионы атомов).

Программа поддерживает распараллеливание с использованием стандарта MPI и технологии CUDA. NWChem. NWChem (New Wave Chemistry) – пакет программ для смешанного квантово- механического и молекулярно- динамического моделирования. Позволяет проводить расчеты геометрии молекулярных структур, расстояний между атомами, сил взаимодействия, свободных энергий поверхностей и др. Оптимизирован для параллельного использования сотен и тысяч процессоров на основе стандарта MPI. Свободно распространяется под собственной лицензией в виде бинарных кодов и исходных текстов. Octopus. Octopus - программный пакет для расчета электронной структуры в рамках теорий функционала плотности (DFT и TDDTF).

Использует для распараллеливания стандарты MPI и Open. MP, имеет поддержку графических процессоров (GPU) через Open. CL, может масштабироваться на десятки тысяч процессоров. Open. FOAMOpen. FOAM (Open Source Field Operation And Manipulation CFD Tool. Box) - открытая интегрируемая платформа для численного моделирования задач механики сплошных сред. Поддерживаем распараллеливание в рамках моделей распределенной и общей памяти. Open. MXOpen. MX (Open source package for Material e.

Xplorer) – квантово- механический программный пакет для моделирования наноструктур, основанный на использовании теории функционала плотности (DFT) и псевдопотенциалов для известных типов атомов. Реализует различные технологии распараллеливания: MPI (для систем с распределенной памятью), Open. MP (для систем с общей памятью), MPI+Open. MP (гибридное). Распространение пакета и его исходных кодов соответствует лицензии GPLv. ORCAORCA - бесплатный (для научно- исследовательских целей) программный пакет для расчётов методами квантовой химии: ab initio, DFT, semiempirical SCF- MO. Параллельная реализация ORCA базируется на протоколе MPI. PHYLIPPHYLIP (PHYLogeny Inference Package) - свободно распространяемый пакет для построения и визуализации филогенетических деревьев.

Доступна реализация пакета для MPI- кластеров: www. MPI- PHYLIP/PMSat. PMSat - параллельная (MPI) версия Sat- решателя Mini.